Produções científicas

Resumo

  • No total, foram 248 publicações que contaram com o apoio dos recursos de processamento de alto desempenho do LabLAD. Entre elas, destacam-se artigos científicos e publicações acadêmicas.
    • No ano de 2024, foram 4 publicações! Sendo 4 artigos e 0 publicações acadêmicas.
    • No ano de 2023, foram 22 publicações! Sendo 12 artigos e 10 publicações acadêmicas.
    • No ano de 2022, foram 43 publicações! Sendo 30 artigos e 13 publicações acadêmicas.
    • Nos outros anos apoiamos 179 publicações! Sendo 117 artigos e 62 publicações acadêmicas.

Artigos são trabalhos acadêmicos publicados em periódicos científicos ou conferências, enquanto publicações acadêmicas incluem teses de doutorado, dissertações de mestrado e trabalhos de conclusão de curso (TCC) de graduação.

2024

    Artigos Científicos
  1. Eduardo Vieira de Souza, Cristiano Valim Bizarro. Identification of Novel Bacterial Microproteins Encoded by Small Open Reading Frames Using a Computational Proteogenomics Workflow. Methods Mol Biol. 2024;2836:19-34. 2024. Disponível em: https://doi.org/10.1007/978-1-0716-4007-4_2

  2. Eduardo Vieira de Souza, Angie L. Bookout, Christopher A. Barnes, Brendan Miller, Pablo Machado, Luiz A. Basso, Cristiano V. Bizarro, Alan Saghatelian. Rp3: Ribosome profiling-assisted proteogenomics improves coverage and confidence during microprotein discovery. Nat Commun. 2024 Aug 9;15(1):6839. 2024. Disponível em: https://doi.org/10.1038/s41467-024-50301-4

  3. Eduardo V. de Souza, Pedro F. Dalberto, Adriana C. Miranda, Alan Saghatelian, Antonio M. Pinto, Luiz A. Basso, Pablo Machado, Cristiano V. Bizarro. Large-scale proteogenomics characterization of microproteins in Mycobacterium tuberculosis. Sci Rep. 2024 Dec 28;14(1):31186. 2024. Disponível em: https://doi.org/10.1038/s41598-024-82465-w

  4. Carlos Falcao de Azevedo Gomes, Adriel Silva de Araujo, Sunna Imtiaz Ahmad, Mauricio Cecilio Magnaguagno, Vinicius Crisosthemos Teixeira, Anushri Singh Rajapuri, Quinn Roederer, Dalvan Griebler, Vinicius Dutra, Hakan Turkkahraman, Marcio Sarroglia Pinho. Multiview Machine Learning Classification of Tooth Extraction in Orthodontics Using Intraoral Scans. 2024 IEEE 48th Annual Computers, Software, and Applications Conference (COMPSAC). 2024. Disponível em: https://doi.org/10.1109/COMPSAC61105.2024.00316

2023

    Artigos Científicos
  1. Thomas F. Martinez, Sally Lyons-Abbott, Angie L. Bookout, Eduardo V. De Souza, Cynthia Donaldson, Joan M. Vaughan, Calvin Lau, Ariel Abramov, Arian F. Baquero, Karalee Baquero, Dave Friedrich, Justin Huard, Ray Davis, Bong Kim, Ty Koch, Aaron J. Mercer, Ayesha Misquith, Sara A. Murray, Sakara Perry, Lindsay K. Pino, Christina Sanford, Alex Simon, Yu Zhang, Garrett Zipp, Cristiano V. Bizarro, Maxim N. Shokhirev, Andrew J. Whittle, Brian C. Searle, Michael J. MacCoss, Alan Saghatelian, Christopher A. Barnes. Profiling mouse brown and white adipocytes to identify metabolically relevant small ORFs and functional microproteins. Cell Metabolism 2023 Jan 3;35(1):166-183.e11. 2023. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.cmet.2022.12.004

  2. Talita Freitas de Freitas, Candida Deves Roth, Bruno Lopes Abbadi, Fernanda Souza Macchi Hopf, Marcia Alberton Perelló, Alexia de Matos Czeczot, Eduardo Vieira de Souza, Ana Flávia Borsoi, Pablo Machado, Cristiano Valim Bizarro, Luiz Augusto Basso, Luis Fernando Saraiva Macedo Timmers. Identification of potential inhibitors of Mycobacterium tuberculosis shikimate kinase: molecular docking, in silico toxicity and in vitro experiments. J Comput Aided Mol Des. 2023 Mar;37(3):117-128. 2023. Disponível em: https://doi.org/10.1007/s10822-022-00495-w

  3. Karina Ruschel, Bruno Avila Farenzena, Jorge H Silvestrini. Gravity current in a basin: high fidelity numerical simulation aproach. . 2023. Disponível em:

  4. Julia Silva Weber, Tiago Ferreto, Nur Zincir-Heywood. Exploring Anomaly Detection Techniques for Enhancing VANET Availability. 2023 IEEE 97th Vehicular Technology Conference (VTC2023-Spring). 2023. Disponível em: https://doi.org/10.1109/VTC2023-Spring57618.2023.10200360

  5. Henrique B. Brum, Carlos R. P. Dos Santos, Tiago C. Ferreto. Providing Fine-grained Network Metrics for Monitoring Applications using In-band Telemetry. 2023 IEEE 9th International Conference on Network Softwarization (NetSoft). 2023. Disponível em: https://doi.org/10.1109/NetSoft57336.2023.10175472

  6. Paulo Souza, Carlos Kayser, Lucas Roges, Tiago Ferreto. Thea - a QoS, Privacy, and Power-aware Algorithm for Placing Applications on Federated Edges. Euromicro International Conference on Parallel, Distributed and Network-Based Processing (PDP). 2023. Disponível em: https://doi.org/10.1109/PDP59025.2023.00028

  7. Paulo S. Souza, Tiago Ferreto, Rodrigo N. Calheiros. Edgesimpy: Python-based modeling and simulation of edge computing resource management policies. Future Generation Computer Systems, v. 148, p. 446-459. 2023. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.future.2023.06.013

  8. Gabriel Fonseca Silva, Paulo Ricardo Knob, Rubens Halbig Montanha, Soraia Raupp Musse. Evaluation and Comparison of Crowd Scenarios. Graphical Models Journal (Qualis: A2). 2023. Disponível em: https://dx.doi.org/10.2139/ssrn.4385713

  9. Paulo Ricardo Knob, Natalia Dal Pizzol, Soraia Raupp Musse, Catherine Pelachaud. Arthur and Bella: multi-purpose empathetic AI assistants for daily conversations. TVCJ (Qualis - A4). 2023. Disponível em: https://link.springer.com/article/10.1007/s00371-023-02994-9

  10. Victor M. Zucchetti*, Omar Rojas-Padilla*, Iuri R. Dias, Mirco Solé, Victor G.D. Orrico, Santiago Castroviejo-Fisher*. An elusive giant: A new species of Vitreorana Guayasamin et al., 2009 (Anura: Centrolenidae) from the northern Atlantic Forest with an osteological description and comments on integumentary spicules. Zootaxa - Qualis A4. 2023. Disponível em: https://doi.org/10.11646/zootaxa.5249.3.1

    Trabalhos Acadêmicos
  1. Filipi Vianna, Sara M Sosa, Jorge H Silvestrini. EP41C-2325: Computer Vision Tool for Lobe-and-Cleft Structures Tracking in Gravity Currents Image Data. Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS). 2023. Disponível em: https://d197for5662m48.cloudfront.net/documents/publicationstatus/181280/preprint_pdf/2aa9c4bf4eae92e3eec3952b1201d151.pdf

  2. S. S. Mata, B. A. Scapin, J.H. Silvestrini. Turbulence in particle-laden gravity currents trough iLES. European Turbulence Conference. 2023. Disponível em:

  3. B. A. Scapin, E. B. Schettini, J.H. Silvestrini. Run-out distance of particle-laden gravity currents. Euromech Colloquium 608 - Dynamics of Gravity Currents.. 2023. Disponível em:

  4. Lucas Roges, Tiago Ferreto. Dynamic Provisioning of Container Registries in Edge Computing Infrastructures. SIMPÓSIO EM SISTEMAS COMPUTACIONAIS DE ALTO DESEMPENHO (SSCAD), 24. , 2023, Porto Alegre/RS. Anais [...]. 2023. Disponível em: https://doi.org/10.5753/wscad.2023.235933

  5. Henrique B. Brum, Carlos R. P. dos Santos, Tiago C. Ferreto. DINT: A Dynamic Algorithm for In-band Network Telemetry. SIMPÓSIO BRASILEIRO DE REDES DE COMPUTADORES E SISTEMAS DISTRIBUÍDOS (SBRC), 41. 2023. Disponível em: https://doi.org/10.5753/sbrc.2023.531

  6. Adriano Marques Garcia. Easing the benchmarking of parallel stream processing on multi-cores. TEDE PUCRS. 2023. Disponível em: https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/10884

  7. Paulo Silas Severo de Souza. Minimizing Latency and Maintenance Time during Server Updates on Edge Computing Infrastructures. Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS). 2023. Disponível em:

  8. Rafael Machado Rios. Técnicas energeticamente eficientes para o posicionamento de aplicações em Computação na Borda. Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS). 2023. Disponível em:

  9. Júnior Henrique Löff. Simplifying self-adaptive distributed stream processing in C++. TEDE PUCRS. 2023. Disponível em: https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/10783

  10. Felipe Rubin. Reducing Power Consumption during Server Maintenance on Edge Computing Infrastructures. Proceedings of the 38th ACM/SIGAPP Symposium on Applied Computing / PUCRS / Dell Brasil. 2023. Disponível em: https://doi.org/10.1145/3555776.3577739

  11. Fernanda de Jesus Trindade . Genômica evolutiva do gênero Leopardus (Mammalia, felidae) com ênfase no processo de hibridação entre L. Guttulus e L. Geoffroyi. TEDE PUCRS. 2023. Disponível em: https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/10707

  12. Omar Rojas Padilla. Contributions to the Systematics and Taxonomy of Syncope Walker, 1973 (Microhylidae: Chiasmocleis). TEDE. 2023. Disponível em: Tese ainda não disponível no TEDE

2022

    Artigos Científicos
  1. Miguel G. Xavier; Carlos H. C. Cano; Vinícius Meyer; Cesar A. F. De Rose. IntP: Quantifying cross-application interference via system-level instrumentation. 2022 IEEE 34th International Symposium on Computer Architecture and High Performance Computing (SBAC-PAD). 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1109/SBAC-PAD55451.2022.00034

  2. Vinícius Meyer, Matheus L. da Silva, Dionatrã F. Kirchoff, Cesar A.F. De Rose. IADA: A dynamic interference-aware cloud scheduling architecture for latency-sensitive workloads. Journal of Systems and Software, Volume 194, December 2022, 111491. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.jss.2022.111491

  3. de Souza EV, Dalberto PF, Machado VP, Canedo Miranda A, Saghatelian A, Machado P, Basso LA, Bizarro CV. µProteInS - a proteogenomics pipeline for finding novel bacterial microproteins encoded by small ORFs. Bioinformatics, Volume 38, Issue 9, 1 May 2022, Pages 2612–2614 (Fator de impacto: 6.937; Qualis A1 – CBI). 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac115

  4. Fernanda S. M. Hopf, Candida D. Roth, Eduardo V. de Souza, Luiza Galina, Alexia M. Czeczot, Pablo Machado, Luiz A. Basso, Cristiano V. Bizarro. Bacterial Enoyl-Reductases: The Ever-Growing List of Fabs, Their Mechanisms and Inhibition. Frontiers in Microbiology (EISSN: 1664-302X) / Frontiers Media SA / Qualis A2 (CB1) / Journal Impact Factor (JCR 2022): 5.2. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.891610

  5. Renato Barreto Hoffmann, Júnior Löff, Dalvan Griebler, Luiz Gustavo Fernandes. OpenMP as runtime for providing high‑level stream parallelism on multi‑cores. The Journal of Supercomputing. Qualis A2. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1007/s11227-021-04182-9

  6. Adriano Marques Garcia, Dalvan Griebler, Luiz G. L. Fernandes, Claudio Schepke. SPBench: a framework for creating benchmarks of stream processing applications. Computing. Qualis A2. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1007/s00607-021-01025-6

  7. Adriano Marques Garcia, Dalvan Griebler, Luiz G. L. Fernandes, Claudio Schepke. Evaluating Micro-batch and Data Frequency for Stream Processing Applications on Multi-cores. Euromicro International Conference on Parallel, Distributed, and Network-Based Processing (PDP). Qualis A3. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1109/PDP55904.2022.00011

  8. Júnior Löff; Renato B. Hoffmann; Dalvan Griebler; Luiz G. Fernandes;. Combining stream with data parallelism abstractions for multi-cores. Journal of Computer Languages - Volume 73, December 2022, 101160. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.cola.2022.101160

  9. Júnior Löff; Renato B. Hoffmann; Ricardo Pieper; Dalvan Griebler; Luiz G. Fernandes;. DSParLib: A C++ Template Library for Distributed Stream Parallelism. International Journal of Parallel Programming. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1007/s10766-022-00737-2

  10. Souza, P. S., Ferreto, T. C., Rossi, F. D., & Calheiros, R. N. . Location-Aware Maintenance Strategies for Edge Computing Infrastructures. IEEE Communications Letters (Volume: 26, Issue: 4, April 2022). 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1109/LCOMM.2022.3150243

  11. Marcos Paulo Konzen, Patric Lincoln Ramires Izolan, Fábio Diniz Griesang, Paulo Silas Severo De Souza, Tiago Coelho Ferreto, Arthur Francisco Lorenzon, Marcelo Caggiani Luizelli, Julio Carlos Balzano De Mattos, Cinara Ewerling Da Rosa and Fábio Júnior Rossi . Multivariate Interpolation at the Edge to Infer Faulty IoT Sensor Metrics. Proceedings of the 12th International Conference on Cloud Computing and Services Science CLOSER - Volume 1, 280-287, 2022 . 2022. Disponível em: http://dx.doi.org/10.5220/0011084100003200

  12. Paulo Souza, Miguel Neves, Carlos Kayser, Felipe Rubin, Conrado Boeira, João Moreira, Bernardo Bordin and Tiago Ferreto. Predicting and Avoiding SLA Violations of Containerized Applications using Machine Learning and Elasticity. Proceedings of the 12th International Conference on Cloud Computing and Services Science CLOSER - Volume 1, 74-85, 2022 . 2022. Disponível em: https://doi.org/10.5220/0011085100003200

  13. TARABINI, Renata Fioravanti et al. Large-Scale Structure-Based Screening of Potential T Cell Cross-Reactivities Involving Peptide-Targets From BCG Vaccine and SARS-CoV-2. Frontiers in Immunology, p. 5858, 2022. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.3389/fimmu.2021.812176

  14. Paesi S, Schiavenin A, Almeida LG, Andreis D, Magrini FE, Marconatto L, Borges LGA, Giongo A. Comparison of two different kinds of seed sludge and characterization of microorganisms producing hydrogen and soluble metabolites from raw glycerol. Brazilian Journal of Chemical Engineering 39: 387-402. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1007/s43153-021-00212-4

  15. dos Santos VHJ, Engelmann PM, Marconatto L, Borges LGA, Palhano PL, Augustin AH, Rodrigues LF, Ketzer JMM, Giongo A. Exploratory analysis of the microbial community profile of the municipal solid waste leachate treatment system: a case study. Waste Management 141: 125-135. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.wasman.2022.01.014

  16. Vieira CK, Borges LGA, Bertolini JG, Soares CRFS, Giongo A, Stürmer SL. Does a decrease in microbial biomass alter mycorrhizal attributes and soil quality indicators in coal mining areas under revegetation process?. Science of the Total Environment 802: 149843. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.149843

  17. Giongo, A., dos Anjos Borges, L.G., Simão, T.L.L. et al. Structure and Dynamics of Periphyton in a Neotropical Freshwater Lake, with Emphasis on Ciliates and Their Relationships with Bacterial Taxa. Microb Ecol 86, 187–199 (2023).. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1007/s00248-022-02101-w

  18. Paesi, S., Schiavenin, A., Almeida, L.G. et al. Exploratory analysis of the microbial community profile of the municipal solid waste leachate treatment system: a case study. Brazilian Journal of Chemical Engineering volume 39, pages 387–402 (2022). 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1007/s43153-021-00212-4

  19. dos Santos VHJ, Engelmann PM, Marconatto L, Borges LGA, Palhano PL, Augustin AH, Rodrigues LF, Ketzer JMM, Giongo A. Comparison of two different kinds of seed sludge and characterization of microorganisms producing hydrogen and soluble metabolites from raw glycerol. Waste Management - Volume 141, 15 March 2022, Pages 125-135. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.wasman.2022.01.014

  20. Vieira CK, Borges LGA, Bertolini JG, Soares CRFS, Giongo A, Stürmer SL. Does a decrease in microbial biomass alter mycorrhizal attributes and soil quality indicators in coal mining areas under revegetation process?. Science of the Total Environment 802: 149843. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.149843

  21. Vera de Ferran, Henrique Vieira Figueiro, Fernanda de Jesus Trindade, Oliver Smith, Mikkel-Holger S. Sinding, Cristine S. Trinca, Gabriele Zenato Lazzari, Geraldine Veron, Juliana A. Vianna, Filippo Barbanera, Sergei Kliver, Natalia Serdyukova, Tatiana Bulyonkova, Oliver A. Ryder, M. Thomas P. Gilbert, Klaus-Peter Koepfli e Eduardo Eizirik. Phylogenomics of the world’s otters. Current Biology, Volume 32, Issue 16, 22 August 2022, Pages 3650-3658.e4, Qualis: A1. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.cub.2022.06.036

  22. Gustavo P Lorenzana, Henrique V Figueiró, Christopher B Kaelin, Gregory S Barsh, Jeremy Johnson, Elinor Karlsson, Ronaldo G Morato, Dênis A Sana, Laury Cullen, Joares A May Jr, Edsel A Moraes Jr, Daniel L Z Kantek, Leandro Silveira, William J Murphy, Oliver A Ryder, Eduardo Eizirik. Whole-genome sequences shed light on the demographic history and contemporary genetic erosion of free-ranging jaguar (Panthera onca) populations. Journal of Genetics and Genomics, Volume 49, Issue 1, January 2022, Pages 77-80, Qualis: C. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.jgg.2021.10.006

  23. Jorge L. Ramirez, Jonas Lescroart, Henrique V. Figueiró, Juan Pablo Torres-Florez, Priscilla M. S. Villela, Luiz L. Coutinho, Patricia D. Freitas, Warren E. Johnson, Agostinho Antunes, Pedro M. Galetti, Jr, Eduardo Eizirik. Genomic Signatures of Divergent Ecological Strategies in a Recent Radiation of Neotropical Wild Cats. Molecular Biology and Evolution, Volume 39, Issue 6, June 2022, msac117, Qualis: A1. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1093/molbev/msac117

  24. Daniel E. Chavez , Ilan Gronau, Taylor Hains, Rebecca B. Dikow, Paul B. Frandsen , Henrique V. Figueiró , Fabrício S. Garcez, Ligia Tchaicka , Rogério C. de Paula , Flávio H. G. Rodrigues, Rodrigo S. P. Jorge, Edson S. Lima, Nucharin Songsasen, Warren E. Johnson, Eduardo , Klaus-Peter Koepfli, and Robert K. Wayne . Comparative genomics uncovers the evolutionary history, demography, and molecular adaptations of South American canids. Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), Vol. 119, No. 34, Qualis: A1. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1073/pnas.2205986119

  25. Bruno Avila Farenzena, Jorge Hugo Silvestrini. Density currents front velocity uncertainty. Computers & Fluids Volume 232, 15 January 2022, 105209. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.compfluid.2021.105209

  26. E. P. Francisco, L. F. R. Espath, S. Laizet, J. H. Silvestrini, V. M. Calo. Direct numerical simulations of intrusive density- and particle-driven gravity currents. Physics of Fluids 34, 045116 (2022). 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1063/5.0087595

  27. Michel Stefanello, Ricardo A. S. Frantz, Otávio Acevedo, Gervasio Degrazia, Jorge H. Silvestrini. Horizontal meandering in direct numerical simulations of the stable boundary layer. Quarterly Journal of the Royal Meteorological Society, 148(749), 3604–3621. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1002/qj.4376

  28. F.D. Vianna, B.A. Farenzena, M.S. Pinho, J.H. Silvestrini. Spatiotemporal flow features in gravity currents using computer vision methods. Computers & Geosciences - Volume 165, August 2022, 105146. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.cageo.2022.105146

  29. Gabriel Fonseca Silva, Paulo Knob, Rubens Montanha, Soraia Musse. WebCrowds: An Authoring Tool for Crowd Simulation. Simpósio Brasileiro de Jogos e Entretenimento Digital - SBGames (Qualis: A4). 2022. Disponível em: https://doi.org/10.1109/SBGAMES56371.2022.9961084

  30. Omar Rojas-Padilla*, Giussepe Gagliardi-Urrutia, Ehiko J., Rios-Alva, Santiago Castroviejo-Fisher*. An elusive giant: A new species of Chiasmocleis Méhely, 1904 (Anura: Microhylidae) from the Peruvian Amazonia. Zootaxa - Qualis A4. 2022. Disponível em: https://doi.org/10.11646/zootaxa.5195.1.2

    Trabalhos Acadêmicos
  1. HOPF, F. S. M. Prospecção de enoil-redutases alternativas em Mycobacterium tuberculosis. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) – Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS). 2022. Disponível em:

  2. GALINA, L. Avaliação da enzima 3-desoxi-D-arabino-heptulosonato-7-fostato sintase (DAHPS) como alvo molecular vulnerável para o desenvolvimento de novos compostos antimicobacterianos. Tese (Doutorado em Medicina e Ciências da Saúde) – Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS). 2022. Disponível em: https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/10134

  3. Pedro Henrique Negreiros Vara. Desenvolvimento de plataforma para produção de vacina baseada em BCG recombinante (rBCG) para a prevenção de infecções por SARS-CoV-2. TEDE PUCRS. 2022. Disponível em: https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/10538

  4. Fernanda Souza Macchi Hopf. Prospecção de enoil-redutases alternativas em Mycobacterium tuberculosis. TEDE PUCRS. 2022. Disponível em: https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/10338

  5. Talita Freitas de Freitas. Estudos funcionais de potenciais inibidores da enzima chiquimato quinase de Mycobacterium tuberculosis. TEDE PUCRS. 2022. Disponível em: https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/10473

  6. Adriano Vogel. Self-adaptive abstractions for efficient high-level parallel computing in multi-cores. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. 2022. Disponível em: https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/10232

  7. CARLOS HENRIQUE KAYSER. Minimizing container-based applications sla violations on edge computing environments. TEDE PUCRS . 2022. Disponível em: https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/10786

  8. Lourdes Yliana Echevarría Espinosa. Phylogenetic systematics of egg-brooding frogs (Anura: Hemiphractidae). Tese de Doutorado Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS). 2022. Disponível em:

  9. Eduardo Moreira da Silva. DIVERSIDADE DE COMUNIDADES DE CIANOBACTÉRIAS DE ÁGUA DOCE: UMA ABORDAGEM METAGENÔMICA. Dissertação de Mestrado da PUCRS. 2022. Disponível em:

  10. Karina Ruschel, J.H. Silvestrini. Simulação numérica de correntes de densidade em configuração não-confinada com alimentação contínua. TEDE PUCRS - Engenharia e Tecnologia de Materiais. 2022. Disponível em: https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/10526

  11. Paulo Ricardo Knob e Soraia Raupp Musse. Modeling an empathetic embodied conversational agent. TEDE PUCRS. 2022. Disponível em: https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/10484

  12. AUGUSTO GABRIEL DE LARA E RENAN DE SOUZA SILVA. CONTROLE DE EQUIPAMENTOS DE PROTEÇÃO INDIVIDUAL ATRAVÉS DE RECONHECIMENTO DE IMAGENS POR INTELIGÊNCIA ARTIFICIAL. TCC. 2022. Disponível em:

  13. RODRIGO FLEITH. REDUÇÃO DE RUÍDO EM SINAL DE ÁUDIO UTILIZANDO TÉCNICAS DE REDES NEURAIS. TCC. 2022. Disponível em:

2021

    Artigos Científicos
  1. Czeczot AM, Roth CD, Ducati RG, Pissinate K, Rambo RS, Timmers LFSM, Abbadi BL, Macchi FS, Pestana VZ, Basso LA, Machado P, Bizarro CV. 8-Mercaptoguanine-based inhibitors of Mycobacterium tuberculosis dihydroneopterin aldolase: synthesis, in vitro inhibition and docking studies. Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry (Fator de impacto: 5.051; Qualis A1 – CBI). 2021. Disponível em: https://doi.org/10.1080/14756366.2021.1900157 (Fator de impacto: 5.051; Qualis A1 – CBI)

  2. Duque-Villegas MA, Abbadi BL, Romero PR, Matter LB, Galina L, Dalberto PF, Rodrigues-Junior VDS, Ducati RG, Roth CD, Rambo RS, de Souza EV, Perello MA, Morbidoni HR, Machado P, Basso LA, Bizarro CV. EPSP Synthase-Depleted Cells Are Aromatic Amino Acid Auxotrophs in Mycobacterium smegmatis. Microbiology Spectrum (Fator de impacto: 7.171; Qualis A1 – CBI). 2021. Disponível em: https://doi.org/10.1128/Spectrum.00009-21

  3. Adriano Vogel, Dalvan Griebler, Luiz Gustavo Fernandes. Providing high-level self-adaptive abstractions for stream parallelism on multicores. Software: Practice and Experience. Qualis A3. 2021. Disponível em: https://doi.org/10.1002/spe.2948

  4. Adriano Vogel, Gabriele Mencagli, Dalvan Griebler, Marco Danelutto, Luiz Gustavo Fernandes. Towards On-the-fly Self-Adaptation of Stream Parallel Patterns. Euromicro International Conference on Parallel, Distributed, and Network-Based Processing (PDP). Qualis A3. 2021. Disponível em: https://doi.org/10.1109/PDP52278.2021.00022

  5. Adriano Vogel, Gabriele Mencagli, Dalvan Griebler, Marco Danelutto, Luiz Gustavo Fernandes. Online and transparent self-adaptation of stream parallel patterns. Computing. Qualis A2. 2021. Disponível em: https://doi.org/10.1007/s00607-021-00998-8

  6. Júnior Löff, Renato Barreto Hoffmann, Dalvan Griebler, Luiz Gustavo Fernandes. High-Level Stream and Data Parallelism in C++ for Multi-Cores. 25th Brazilian Symposium on Programming Languages (SBLP’21). Qualis A4. 2021. Disponível em: https://doi.org/10.1145/3475061.3475078

  7. Júnior Löff, Dalvan Griebler, Luiz Gustavo Fernandes. Melhorando a Geração Automática de Código Paralelo para o Paradigma de Processamento de Stream em Multi-cores. Revista Eletrônica de Iniciação Científica. 2º lugar no concurso de trabalhos de IC: https://csbc.ufsc.br/conheca-os-top-3-do-ctic-2021/. 2021. Disponível em: https://sol.sbc.org.br/journals/index.php/reic/article/view/2083

  8. Adriano Marques Garcia, Dalvan Griebler, Luiz G. L. Fernandes, Claudio Schepke. Introducing a Stream Processing Framework for Assessing Parallel Programming Interfaces. Euromicro International Conference on Parallel, Distributed, and Network-Based Processing (PDP). Qualis A3. 2021. Disponível em: https://doi.org/10.1109/PDP52278.2021.00021

  9. TAVARES, Kairo; FERRETO, Tiago Coelho. P4-ONIDS: A P4-based NIDS optimized for constrained programmable data planes in SDN. Anais do XXXIX Simpósio Brasileiro de Redes de Computadores e Sistemas Distribuídos. p. 434-447. 2021. Disponível em: https://doi.org/10.5753/sbrc.2021.16738

  10. KNOB, Luis Augusto Dias; KAYSER, Carlos Henrique; FERRETO, Tiago. Improving Container Deployment in Edge Computing Using the Infrastructure Aware Scheduling Algorithm. 2021 IEEE Symposium on Computers and Communications (ISCC). IEEE, 2021. p. 1-6. 2021. Disponível em: 10.1109/ISCC53001.2021.9631490

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  12. BOEIRA, Conrado et al. Characterizing network performance of single-node large-scale container deployments. 2021 IEEE 10th International Conference on Cloud Networking (CloudNet). IEEE, 2021. p. 97-103. 2021. Disponível em: 10.1109/CloudNet53349.2021.9657138

  13. WEBER, Julia Silva; NEVES, Miguel; FERRETO, Tiago. VANET simulators: an updated review. Journal of the Brazilian Computer Society, v. 27, n. 1, p. 1-31, 2021. 2021. Disponível em: https://doi.org/10.1186/s13173-021-00113-x

  14. KNOB, Luis Augusto Dias et al. Enforcing deployment latency SLA in edge infrastructures through multi-objective genetic scheduler. Proceedings of the 14th IEEE/ACM International Conference on Utility and Cloud Computing. 2021. p. 1-9. 2021. Disponível em: 10.1145/3468737.3494100

  15. Magda Lahorgue Nunes, Nathalia Bianchini Esper, Alexandre Rosa Franco, Graciane Radaelli, Ricardo Bernardi Soder, Rodrigo Bomfim, Felipe Kalil Neto, Fernando Gameleira, Mirna Wetters Portuguez, Jaderson Costa da Costa.. Epilepsy after congenital Zika virus infection: EEG and neuroimaging features. Seizure, fator de impacto 3.184. 2021. Disponível em: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1059131120303538

  16. Pedro Ballester, Laura Tomaz da Silva, Matheus Marcon, Nathalia Bianchini Esper, Benicio Frey, Augusto Buchweitz, Felipe Meneguzzi. Predicting brain age at the slice level: convolutional neural networks and consequences for interpretability. Frontiers in Psychiatry, fator de impacto 3.532. 2021. Disponível em: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpsyt.2021.598518/full

  17. Wyllians Vendramini Borelli, Eduardo Leal-Conceição, Michele Alberton Andrade, Nathalia Bianchini Esper, Paula Kopschina Feltes, Ricardo Bernardi Soder, Cristina Sebastião Matushita, Louise Mross Hartmann, Graciane Radaelli, Lucas Porcello Schilling, Cristina Moriguchi-Jeckel, Ana Maria Marques da Silva, Mirna Wetters Portuguez, Alexandre Rosa Franco, Jaderson Costa da Costa. Increased glucose activity in subgenual anterior cingulate and hippocampus of high performing older adults, despite amyloid burden. Publicado no Journal of Alzheimer's Disease, fator de impacto 4.472. 2021. Disponível em: https://content.iospress.com/articles/journal-of-alzheimers-disease/jad210063

  18. Laura Tomaz da Silva, Nathalia Bianchin iEsper, Duncan Ruiz, Felipe Meneguzzi, Augusto Buchweitz. Visual explanation for identification of the brain bases for developmental dyslexia on fMRI data. Publicado na Frontiers in computational neuroscience, fator de impacto 2.99. 2021. Disponível em: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8458961/

  19. Antunes TC, Marconatto L, Borges LGA, Giongo A, van der Sand ST. Analysis of microbial community biodiversity in activated sludge from a petrochemical plant. Ambiente & Agua 16: e2655. 2021. Disponível em: https://doi.org/10.4136/ambi-agua.2655

  20. Magrini FE, Almeida GM, Soares DM, Borges LGA, Marconatto L, Giongo A. Variation of the prokaryotic and eukaryotic communities after distinct methods of thermal pretreatment of the inoculum in hydrogen-production reactors from sugarcane vinasse. Current Microbiology 78: 2682-2694. 2021. Disponível em: https://doi.org/10.1007/s00284-021-02527-4

  21. Marder M, Bucker F, Konrad O, Marconatto L, Borges LGA, Giongo A, Granada CE. Effect of the acclimated inoculant on improving the potential for biogas production at room temperature (~28º C) subjected to daily variations. Journal of Cleaner Production 292: 125959. 2021. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.jclepro.2021.125959

  22. Serbent MP, Borges LGA, Quadros A, Marconatto L, Tavares LBB, Giongo A. Prokaryotic and eukaryotic communities in an experimental rice plantation under long-term use of pesticides. Environmental Science and Pollution Research. 2021. Disponível em: 10.1007/s11356-020-10614-5

  23. Leandro de Mattos Pereira, Milene Pereira Guimarães de Jezuz, Amaranta Ramos Rangel, Bruna Dalcin Baldasso, Amanda Bungi Zaluski, Carlos Graeff-Teixeira, Alessandra Loureiro Morassutti. De novo transcriptome reveals blood coagulation/antithrombin factors and infection mechanisms in Angiostrongylus cantonensis adult worms. Parasitology. 2021 Jun;148(7):857-870.. 2021. Disponível em: 10.1017/S0031182021000469

  24. Lettieri, G. M., Santiago, L. M., Lettieri, G. C., Borges, L. G., Marconatto, L., De Oliveira, L. A., & Salles, L. P. . Oral Phenotype and Salivary Microbiome of Individuals With Papillon–Lefèvre Syndrome. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 11, 720790. 2021. Disponível em: https://doi.org/10.3389/fcimb.2021.720790

  25. Fernanda J Trindade, Maíra R Rodrigues, Henrique V Figueiró, Gang Li, William J Murphy e Eduardo Eizirik. Genome-Wide SNPs Clarify a Complex Radiation and Support Recognition of an Additional Cat Species. Molecular Biology and Evolution, Volume 38, Issue 11, November 2021, Pages 4987–4991, Qualis: A1. 2021. Disponível em: https://doi.org/10.1093/molbev/msab222

  26. Felipe N. Schuch, Eckart Meiburg, Jorge H. Silvestrini. Plunging criterion for particle-laden flows over sloping bottoms: Three-dimensional turbulence-resolving simulations. Computers and Geosciences. 2021. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.cageo.2021.104880

  27. Ricardo A.S. Frantz, Georgios Deskos, Sylvain Laizet, Jorge H. Silvestrini. High-fidelity simulations of gravity currents using a high-orderfinite-difference spectral vanishing viscosity approach. Computers and Fluids. 2021. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.compfluid.2021.104902

  28. SILVEIRA, Plinio; DE ROSE, Cesar A. F.; ZORZO, Avelino F.; XAVIER, Miguel G.; MILOJICIC, Dejan; CHALAMALASETTI, Sai, SEREBRYAKOV, Sergei. Resource Sharing and Security Implications on Machine Learning Inference Accelerators. Proceedings of IEEE Computers, Software, and Applications Conference (COMPSAC 2021). QUALIS - A2. 2021. Disponível em: 10.1109/COMPSAC51774.2021.00020.

  29. MEYER, V.; KIRCHOFF, D.; DA SILVA, M.; DE ROSE, C. A. F.. Edge Computing and its Boundaries to IoT and Industry 4.0: A Systematic Mapping Study. International Journal of Grid and Utility Computing (IJGUC). QUALIS - B1. 2021. Disponível em:

  30. MEYER, V.; KIRCHOFF, D.; DA SILVA, M.; DE ROSE, C. A. F. ML-driven Classification Scheme for Dynamic Interference-aware Resource Scheduling in Cloud Infrastructures. Journal of Systems Architecture (JSA). QUALIS - A2. 2021. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.sysarc.2021.102064

    Trabalhos Acadêmicos
  1. DALBERTO, P. F.. Identificação de microproteínas codificadas por pequenas ORFs em Mycolicibacterium smegmatis (Mycobacterium smegmatis) por meio de análise proteogenômica. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) – Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS). 2021. Disponível em: https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/9772

  2. Luis Augusto Dias Knob, Tiago Coelho Ferreto. Improving Container Deployment Latency in Distributed Edge Infrastructures. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. 2021. Disponível em: https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/10148

  3. Kairo Cesar Pinto Tavares, Tiago Coelho Ferreto. P4-ONIDS: P4-Based Pre-Filtering NIDS Solution Optimized for Constrained Programmable Data Planes in SDN. . 2021. Disponível em:

  4. Ângelo Nery Vieira Crestani, Tiago Coelho Ferreto. LMA - Uma estratégia de migração de serviços proativa em ambientes de Edge Computing. . 2021. Disponível em:

  5. Aline Kotoski, Augusto Buchweitz. Banco para compartilhamento de imagens do INSCER : estudos de FMRI e sMRI de crianças, adolescentes e adultos brasileiros. Dissertação (Mestrado em Medicina e Ciências da Saúde) – Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS). 2021. Disponível em: https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/10107

  6. Eduardo Moreira da Silva. DIVERSIDADE DE COMUNIDADES DE CIANOBACTÉRIAS DE ÁGUA DOCE: UMA ABORDAGEM METAGENÔMICA. . 2021. Disponível em:

  7. Vera de Ferran. Genômica evolutiva de lontras (carnivora, mustelidae, lutrinae). TEDE PUCRS. 2021. Disponível em: https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/10489

  8. Filipi Damasceno Vianna. Feições espaço-temporais em correntes de gravidade usando métodos de visão computacional. Tese (Doutorado em Engenharia e Tecnologia de Materiais) – Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS). 2021. Disponível em: https://hdl.handle.net/10923/20697

  9. Guilherme Torres Marques Vidal. Simulações de correntes de turbidez bi-dispersas na configuração lock-release com valores diferentes de Schmidt. Dissertação (Mestrado em Engenharia e Tecnologia de Materiais) – Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS). 2021. Disponível em: https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/10069

  10. Vinicius Meyer. INTERFERENCE-AWARE CLOUD SCHEDULING ARCHITECTURE FOR DYNAMIC LATENCY-SENSITIVE WORKLOADS. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. 2021. Disponível em:

2020

    Artigos Científicos
  1. Vogel, Adriano; Griebler, Dalvan; Danelutto, Marco; Fernandes, Luiz Gustavo. Seamless Parallelism Management for Multi-core Stream. Processing Inproceedings Parallel Computing is Everywhere, Proceedings of the International Conference on Parallel Computing (ParCo), pp. 10, IOS Press, Prague, Czech Republic, 2019.. 2020. Disponível em: 10.3233/APC200082

  2. Vogel, Adriano; Griebler, Dalvan; Danelutto, Marco; Fernandes, Luiz Gustavo. Minimizing Self-Adaptation Overhead in Parallel Stream Processing. Multi-Cores Inproceedings Euro-Par 2019: Parallel Processing Workshops, pp. 12, Springer, Göttingen, Germany, 2019.. 2020. Disponível em: 10.1007/978-3-030-48340-1_3

  3. Griebler, Dalvan; Vogel, Adriano; Sensi, Daniele De; Danelutto, Marco; Fernandes, Luiz Gustavo. Simplifying and implementing service level objectives for stream parallelism. Journal of Supercomputing, pp. 1-26, 2019, ISSN: 0920-8542.. 2020. Disponível em: 10.1007/s11227-019-02914-6

  4. MARQUES, Wagner; RUBIN, Felipe; DE SOUZA, Paulo; DE OLIVEIRA, Romulo; FERRETO, Tiago. SABER. An Infrastructure-Agnostic Benchmark Tool for Elasticity Evaluation on Cloud Foundry Based Platforms. International Conference on Information Networking (ICOIN), 2020, Barcelona. (QUALIS A3). 2020. Disponível em: https://doi.org/10.1109/ICOIN48656.2020.9016485

  5. RUBIN, Felipe; SOUZA, Paulo; MARQUES, Wagner; REIS, Rômulo; ROSSI, Fábio; FERRETO, Tiago . Evaluating Energy and Thermal Efficiency of Anomaly Detection Algorithms in Edge Devices.. International Conference on Information Networking (ICOIN), 2020, Barcelona. (QUALIS A3). 2020. Disponível em: https://doi.org/10.1109/ICOIN48656.2020.9016420

  6. SOUZA, Paulo; VIEIRA, Ângelo; FERRETO, Tiago; BOEIRA, Conrado; NASCIMENTO, João; RUBIN, Felipe; REIS, Rômulo. ISABEL. Infrastructure-Agnostic Benchmark Framework for Cloud-Native Platforms. International Conference on Cloud Computing and Services Science, 2020, Prague (QUALIS A4). 2020. Disponível em: https://doi.org/10.5220/0009581004820489

  7. REIS, Rômulo; FERRETO, Tiago; VIEIRA, Ângelo; ROSSI, Fábio; BOEIRA, Conrado; RUBIN, Felipe; SOUZA, Paulo; NASCIMENTO, João. IRENE. Interference and High Availability Aware Microservice-based Applications Placement for Edge Computing. International Conference on Cloud Computing and Services Science (CLOSER), 2020, Prague (QUALIS A4). 2020. Disponível em: https://doi.org/10.5220/0009581604900497

  8. DE SOUZA, Paulo Silas Severo; RUBIN, Felipe Pfeifer; HOHEMBERGER, Rumenigue; FERRETO, Tiago Coelho; LORENZON, Arthur Francisco; LUIZELLI, Marcelo Caggiani; ROSSI, Fábio Diniz . Detecting abnormal sensors via machine learning: An IoT farming WSN-based architecture case study. MEASUREMENT, v. 164, p. 108042, 2020 (QUALIS A1). 2020. Disponível em: http://dx.doi.org/10.1016/j.measurement.2020.108042

  9. NUNES, Magda Lahorgue; ESPER, Nathalia Bianchini; FRANCO, Alexandre Rosa; RADAELLI, Graciane; SODER, Ricardo Bernanrdi; BOMFIM, Rodrigo; NETO, Felipe Kalil; GAMELEIRA, Fernando; PORTUGUEZ, MIRNA Wetters; COSTA, Jaderson Costa. Epilepsy after zika virus congenital infection: EEG and neuroimaging features. Seizure - European Journal of Epilepsy (fator de impacto: 2.522). 2020. Disponível em: 10.1016/j.seizure.2020.11.004

  10. ESPER, Nathalia Bianchini; FRANCO, Alexandre Rosa; NUNES, Magda Lahorgue; KOTOSKI, Aline; ESPER, Katherine Bianchini; PRIPP, Willian; RADAELLI, Graciane; PORTUGUEZ, Mirna Wetters; COSTA, Jaderson Costa; BUCHWEITZ, Augusto. Functional connectivity in infants with congenital microcephaly associated with the Zika Virus infection. conferência sem qualis (World Congress on Brain, Behavior and Emotions. 2020. Disponível em: (Sem link)

  11. OSÓRIO, Joana Borges; PEREIRA, Leandro de Mattos; GIONGO, Adriana; MARCONATTO, Letícia; POTRIQUET, Jeremy; CANDIDO, Renata Russo Frasca; MULVENA, Jason; GRAEFF-TEIXEIRA, Malcolm Jones Carlos; MORASSUTTI, Alessandra Loureiro. Mollusk microbiota shift during Angiostrongylus cantonensis infection in the freshwater snail Biomphalaria glabrata and the terrestrial slug Phillocaulis soleiformis. Parasitology Research.. Parasitology Research. 2020. Disponível em: https://doi.org/10.1007/s00436-020-06743-y

  12. MÜLLERA, Carla Aristonara; PEREIRA, Leandro de Mattos; LOPES, Carina; CARES Juvenil; BORGES, Luiz Gustavo dos Anjos; GIONGO, Adriana; GRAEFF-TEIXEIRA, Carlos; MORASSUTTI, Alessandra Loureiro. Meiofaunal diversity in the Atlantic Forest soil: A quest for nematodes in anative reserve using eukaryotic metabarcoding analysis. Forest Ecology and Management 453 (2019) 117591. 2020. Disponível em: https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0378112719312873

  13. DAME-TEIXEIRA, Naile; CENA, Jéssica Alves; CÔRTES, Débora Azevedo; BELMOK, Aline; BORGES, Luiz Gustavo dos Anjos; MARCONATTO, Letícia; GIONGO, Adriana; KYAW, Cynthia Maria. Presence of Archaea in dental caries biofilms. Archives of Oral Biology 110: 104606. 2020. Disponível em: 10.1016/j.archoralbio.2019.104606

  14. LUIZ, Cristina de Almeida Silva; MONTEGGIA, Luiz Olinto; JÚNIOR, José Carlos Alves; GRANADA, Camille Eichelberger; GIONGO, Adriana. Evaluation of semi-continuous operation to hydrogen and volatile fatty acids production using raw glycerol as substrate. Renewable Energy 153: 701-710. 2020. Disponível em: 10.1016/j.renene.2020.01.152

  15. GIONGO, Adriana; GRANADA, Camille E.; BORGES, Luiz G. A.; PEREIRA, Leandro M.; TRINDADE, Fernanda J.; MATTIELLO, Shaiana P.; OLIVEIRA, Rafael R.; SHUBEITA; Fauzi M.; LOVATO, Adalberto; MARCON, César; MEDINA-SILVA, Renata. Microbial communities in anaerobic digesters change over time and sampling depth. Brazilian Journal of Microbiology. 2020. Disponível em: 10.1007/s42770-020-00272-7

  16. GIAGNONI, Laura; BORGES, Luiz Gustavo dos Anjos; GIONGO, Adriana; SILVEIRA, Andressa de Oliveira; ARDISSONE, Alexandria N.; TRIPLETT, Eric W.; MENCH, Michel; RENELLA, Giancarlo. Dolomite and compost amendments enhance Cu phytostabilization and increase microbiota of the leachetes from a Cu-contaminated soil. Agronomy 10: 719. 2020. Disponível em: 10.3390/agronomy10050719

  17. GIONGO, Adriana; BORGES, Luiz Gustavo dos Anjos; MARCONATTO, Letícia; PALHANO, Pâmela de Lara; SERBENT, Maria Pilar; MOREIRA-SILVA, Eduardo; SIQUEIRA, Tiago de Abreu; MARTINHO, Caroline Thais; BARILI, Rosalia; PAZ, Lisiê Valéria; MOSER, Letícia Isabela; VERÍSSIMO, Carolina de Marco; KETZER, João Marcelo Medina; MEDINA-SILVA, Renata. Adaption of microbial communities to the hostile environment in the Doce River the collapse of two iron ore tailing dams. Heliyon 6: e04778. 2020. Disponível em: 10.1016/j.heliyon.2020.e04778

  18. SERBENT, Maria Pilar; BORGES, Luiz Gustavo dos Anjos; QUADROS, Aline; MARCONATTO, Letícia; TAVARES, Lorena Benathar Balload; GIONGO, Adriana. Prokaryotic and eukaryotic communities in an experimental rice plantation under long-term use of pesticides. Environmental Science and Pollution Research. 2020. Disponível em: 10.1007/s11356-020-10614-5

  19. Juliana A. Vianna, Flávia A. N. Fernandes, María José Frugone , Henrique V. Figueiró, Luis R. Pertierra, Daly Noll, Ke Bi, Cynthia Y. Wang-Claypool, Andrew Lowther, Patricia Parker, Celine Le Bohec, Francesco Bonadonna, Barbara Wienecke, Pierre Pistorius, Antje Steinfurth, Christopher P. Burridge, Gisele P. M. Dantas, Elie Poulin, W. Brian Simison, Jim Henderson, Eduardo Eizirik, Mariana F. Nery e Rauri C. K. Bowie. Genome-wide analyses reveal drivers of penguin diversification. Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), Qualis: A1. 2020. Disponível em: https://doi.org/10.1073/pnas.2006659117

  20. COLISSI, Mateus da Silveira; VIEIRA, Renata; MASCARDI, Viviana; BORDINI, Rafael H.. A Chatbot that Uses a Multi-Agent Organization to Support Collaborative Learning. Conferência Human-Computer Interaction (HCI) International, com indicação de Qualis B1. 2020. Disponível em: (Sem link)

  21. FERNANDES, Ramon; SANCHEZ, Gustavo; CATALDO, Rodrigo; AGOSTINI, Luciano; MARCON, César. Using Curved Angular Intra-Frame Prediction to Improve Video Coding Efficiency. Journal of Visual Communication and Image Representation (Qualis A2). 2020. Disponível em: (Sem link)

  22. Felipe S Costa, Silvia M Nassar, Sergio Gusmeroli, Ralph Schultz, André G S Conceição, Miguel Xavier, Fabiano Hessel, Mario A R Dantas. FASTEN IIoT: An Open Real-Time Platform for Vertical, Horizontal and End-To-End Integration. Sensors 2020, 20(19), 5499. 2020. Disponível em: https://doi.org/10.3390/s20195499

    Trabalhos Acadêmicos
  1. DE SOUZA, Paulo Silas Severo, FERRETO, Tiago Coelho. A Heuristic Algorithm for Minimizing Server Maintenance Time and Vulnerability Surface on Data Centers. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. 2020. Disponível em: http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/9522

  2. MARQUES, Wagner dos Santos, FERRETO, Tiago Coelho. UniFaaS - Um framework para Serverless Computing baseado em Unikernels. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. 2020. Disponível em: (Sem link)

  3. ESPER, Nathalia Bianchini, BUCHWEITZ, Augusto . Zika Virus and the brain: a functional and structural magnetic resonance imaging study of infants with congenital microcephaly associated to zika virus exposure. Ainda não está disponível na biblioteca. 2020. Disponível em: (Sem link)

  4. COLISSI, Mateus da Silveira; VIEIRA, Renata; MASCARDI, Viviana; BORDINI, Rafael H.. Team Up: Conversational Agents to Support the Coordination of Group Work. Não há. 2020. Disponível em: (Sem link)

  5. ROSSATO, Guilherme Miranda, FERNANDES, Dênis. The Implementation of Autoencoder in Embedded Systems to Attenuate Non-Stationary Noise in Audio Signal. Não há. 2020. Disponível em: (Sem link)

  6. FERNANDES, Ramon Costi, MARCON, César. Exploring Curve-Based Prediction Models for Intra-Frame Prediction. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. 2020. Disponível em: http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/9589

  7. Maria Laura de Souza Delapieve, Roberto E. dos Reis. Cascudinhos do sul do Brasil: sistemática, endemismo e relações usando novas abordagens (Loricariidae: Hypoptopomatinae). . 2020. Disponível em: http://hdl.handle.net/10923/16653

  8. Vanessa Meza Vargas, Roberto E. dos Reis. Filogenia e revisão taxanômica de Hemiancistrus (Silutiformes: Loricariidae). TEDE PUCRS. 2020. Disponível em: https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/10004

2019

    Artigos Científicos
  1. Pieper, Ricardo; Griebler, Dalvan; Fernandes, Luiz G.. Structured Stream Parallelism for Rust. Inproceedings 23st Brazilian Symposium on Programming Languages (SBLP), pp. 8, ACM, Salvador, Brazil, 2019. . 2019. Disponível em: 10.1145/3355378.3355384

  2. Vogel, Adriano; Griebler, Dalvan; Fernandes, Luiz G.. Adaptando o Paralelismo em Aplicações de Stream Conforme Objetivos de Throughput. Inproceedings Escola Regional de Alto Desempenho (ERAD/RS), pp. 4, Sociedade Brasileira de Computação (SBC), Três de Maio, BR, 2019.. 2019. Disponível em: https://www.researchgate.net/publication/332529423_Adaptando_o_Paralelismo_em_Aplicacoes_de_Stream_Conforme_Objetivos_de_Throughput

  3. Maron, Carlos A F; Griebler, Dalvan; Fernandes, Luiz G.. Benchmark Paramétrico para o Domínio do Paralelismo de Stream: Um Estudo de Caso com o Ferret da Suíte PARSEC. Inproceedings Escola Regional de Alto Desempenho (ERAD/RS), pp. 4, Sociedade Brasileira de Computação (SBC), Três de Maio, BR, 2019.. 2019. Disponível em: http://hdl.handle.net/10923/15465

  4. Rista, Cassiano; Griebler, Dalvan; Fernandes, Luiz G.. Proposta de Grau de Paralelismo Autoadaptativo com MPI-2 para a DSL SPar. Inproceedings Escola Regional de Alto Desempenho (ERAD/RS), pp. 4, Sociedade Brasileira de Computação (SBC), Três de Maio, BR, 2019.. 2019. Disponível em: http://hdl.handle.net/10923/15464

  5. Araujo, Gabriell A; Griebler, Dalvan; Fernandes, Luiz G.. Avaliando o Paralelismo de Stream com Pthreads, OpenMP e SPar em Aplicações de Vídeo. Inproceedings Escola Regional de Alto Desempenho (ERAD/RS), pp. 4, Sociedade Brasileira de Computação (SBC), Três de Maio, BR, 2019.. 2019. Disponível em: https://www.researchgate.net/publication/332529275_Avaliando_o_Paralelismo_de_Stream_com_Pthreads_OpenMP_e_SPar_em_Aplicacoes_de_Video

  6. Justo, Gabriel B; Vogel, Adriano; Griebler, Dalvan; Fernandes, Luiz G.. Acelerando o Reconhecimento de Pessoas em Vídeos com MPI. Inproceedings Escola Regional de Alto Desempenho (ERAD/RS), pp. 4, Sociedade Brasileira de Computação (SBC), Três de Maio, BR, 2019.. 2019. Disponível em: https://www.researchgate.net/publication/332529317_Acelerando_o_Reconhecimento_de_Pessoas_em_Videos_com_MPI

  7. Maron, Carlos A F; Vogel, Adriano; Griebler, Dalvan; Fernandes, Luiz Gustavo. Should PARSEC Benchmarks be More Parametric? A Case Study with Dedup. Inproceedings 27th Euromicro International Conference on Parallel, Distributed and Network-Based Processing (PDP), pp. 217-221, IEEE, Pavia, Italy, 2019.. 2019. Disponível em: http://hdl.handle.net/10923/15458

  8. Marcelo Conterato, Tiago Ferreto, Fabio Rossi, Wagner Marques e Paulo de Souza. Reducing Energy Consumption in SDN-based Data Center Networks through Flow Consolidation Strategies. SAC '19: Proceedings of the 34th ACM/SIGAPP Symposium on Applied Computing (Qualis A1). 2019. Disponível em: https://dl.acm.org/doi/abs/10.1145/3297280.3297420

  9. Angelo Crestani, Paulo de Souza, Wagner Marques, Marcelo Conterato, Tiago Ferreto, Marcelo Luizelli, Arthur Lorenzon, Antonio Carlos Filho, Fabio Rossi, Jorji Nonaka. The Impact of Parallel Programming Interfaces on the Aging of a Multicore Embedded Processor. S2019 IEEE International Symposium on Circuits and Systems (ISCAS) (Qualis A1). 2019. Disponível em: https://ieeexplore.ieee.org/abstract/document/8702116/

  10. Paulo Souza, Wagner Marques, Rômulo Reis, Tiago Ferreto. IAGREE: Infrastructure-Agnostic Resilience Benchmark Tool For Cloud Native Platforms. 9th International Conference on Cloud Computing and Services Science, CLOSER 2019 (Qualis A2). 2019. Disponível em: https://pdfs.semanticscholar.org/739e/31d533e263d01fec8a30e1b481142412925d.pdf

  11. Rômulo Reis, Paulo Souza, Wagner Marques, Tiago Ferreto e Fabio Rossi. Improving the Trade-Off Between Performance and Energy Saving in Mobile Devices through a Transparent Code Offloading Technique. 9th International Conference on Cloud Computing and Services Science, CLOSER 2019 (Qualis A2). 2019. Disponível em: https://pdfs.semanticscholar.org/1313/b8703a803b876a08585609283d8720d2bf8a.pdf

  12. Fabio Rossi, Tiago Ferreto, Marcelo Conterato, Paulo Souza, Wagner Marques, Rodrigo Calheiros, Guilherme Rodrigues. Towards balancing energy savings and performance for volunteer computing through virtualized approach. 9th International Conference on Cloud Computing and Services Science, CLOSER 2019 (Qualis A2). 2019. Disponível em: https://pdfs.semanticscholar.org/d1dc/77ec6b4b4494e93f25008ad5d17918479ca5.pdf

  13. Kairo Tavares, Tiago Ferreto. DDoS on Sketch: Spoofed DDoS attack defense with programmable data planes using sketches in SDN. SIMPÓSIO BRASILEIRO DE REDES DE COMPUTADORES E SISTEMAS DISTRIBUÍDOS (SBRC) 2019 (Qualis B2). 2019. Disponível em: https://doi.org/10.5753/sbrc.2019.7404

  14. Fabio Rossi, Paulo Souza, Wagner Marques, Marcelo Conterato, Tiago Ferreto, Arthur Lorenzon, Marcelo Luizelli. Multilevel Resource Allocation for Performance-Aware Energy-Efficient Cloud Data Centers. IEEE Symposium on Computers and Communications (ISCC) 2019 (Qualis A2). 2019. Disponível em: 10.1109/ISCC47284.2019.8969751

  15. Augusto Buchweitz, Adriana Corrêa Costa, Rudineia Toazza, Ana Bassôa, Valentina Metsavaht Cara, Nathalia Bianchini Esper, Cristiano Aguzzoli, Bruna Gregolim, Luiz Fernando Dresch, Matheus Dorigatti Soldateli, Jaderson Costa da Costa, Mirna Wetters Portuguez, Alexandre Rosa Franco. Decoupling of the Occipitotemporal Cortez and the Brain's Default-Mode Network in Dyslexia and a Role for the Cingulate Cortez in Good Readers: A Brain Imaging Study of Brazilian Children. Developmental Neuropsychology - Fator de Impacto: 1.344 - Qualis A1 (Área de Avaliação: Psicologia). 2019. Disponível em: https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/87565641.2017.1292516

  16. Augusto Buchweitz, Lucas Araújo de Azeredo, Valentina Metsavaht Cara, Nathalia Bianchini Esper, Ricardo Bernardi Soder, Jaderson Costa da Costa, Mirna Wetters Portuguez, Alexandre Rosa Franco, Rodrigo Grassi-Oliveira. Violence and Latin-American preadolescents: A Study of Social Brain Function and Cortisol Levels. Developmental Science - Fator de Impacto: 4.096 - Qualis A1 (Área de Avaliação: Interdisciplinar). 2019. Disponível em: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/desc.12799

  17. Valentina Metsavaht Cara, Nathalia Bianchini Esper, Lucas Araújo de Azeredo, Victoria Iochpe, Nicole Prigol Dalfovo, Rhaná Carolina Santos, Breno Sanvicente-Vieira, Rodrigo Grassi-Oliveira, Alexandre Rosa Franco, Augusto Buchweitz. An fMRI study of inhibitory control and the effects of exposure to violence in Latin-American early adolescents: alterations in frontoparietal activation and performance. Social Cognitive and Affective Neuroscience - Fator de Impacto: 3.5 - Qualis A2 (Área de Avaliação: Medicina II). 2019. Disponível em: https://doi.org/10.1093/scan/nsz092

  18. Nathalia Bianchini Esper, Aline Kotoski, Graciane Radaelli, Felipe Kalil Neto, Daniele Irigoyen Costa, Mirna Wetters Portuguez, Magda Lahorgue Nunes, Augusto Buchweitz, Jaderson Costa da Costa. Auditory task in infants with congenital microcephaly associated to Zika Virus: a functional near-infrared spectroscopy study. Congress on Brain, Behavior and Emotions. 2019. Disponível em:

  19. Nathalia Bianchini Esper, Maicon Diogo Much, Dario Francisco Guimarães de Azevedo, Augusto Buchweitz, Michael Milham, Alexandre Rosa Franco. Real-time fMRI Motion Tracking: Should I Stop and Restart the Scan?. 25th Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping. 2019. Disponível em:

  20. GIONGO, Adriana; HAAG, Taiana; MEDINA-SILVA, Renata; HEEMANN, Roberto; PEREIRA, Leandro M.; ZAMBERLAN, Priscilla M.; VALDEZ, Fernanda P.; OLIVEIRA, Rafael R.; EIZIRIK, Eduardo; VIANA, Adriano R.; KETZER, João Marcelo M.. Distinct deep subsurface microbial communities in two sandstone units separated by a mudstone layer. Geosciences Journal. 2019. Disponível em: 10.1007/s12303-019-0028-5

  21. Gang Li, Henrique V Figueiró, Eduardo Eizirik e William J Murphy. Recombination-Aware Phylogenomics Reveals the Structured Genomic Landscape of Hybridizing Cat Species. Molecular Biology and Evolution, Volume 36, Issue 10, October 2019, Pages 2111–2126, Qualis: A1. 2019. Disponível em: https://doi.org/10.1093/molbev/msz139

  22. Shirley Soares de Oliveira, Cássio Stein Moura, Ivi Valentini Lara. Estudo da interação de herbicidas com grafeno para produção de agentes filtrantes. Anais da 20º edição do Salão de Iniciação Científica [/Carla Denise Bonan, Fernanda Bueno Morrone, Júlio César Bicca Marques - Coordenadores. - Dados eletrônicos. - Porto Alegre: EDIPUCRS, 2019. Recurso on-line. 2019. Disponível em: https://editora.pucrs.br/edipucrs/acessolivre/anais/sic/assets/edicoes/2019/arquivos/555.pdf

  23. Nícollas Gonçalves Cavedini, Caroline Machado Dartora, Ana Maria Marques da Silva. Iodine Internal Dosimetry using Anthropomorphic Voxelized Phantom in GATE. Eur J Nucl Med Mol Imaging (2019) 46 (Suppl 1): S952.. 2019. Disponível em: 10.1007/s00259-019-04486-2

  24. Caroline Machado Dartora, Nícollas Gonçalves Cavedini, Luís Vinicius de Moura, Ana Maria Marques da Silva. Dosimetria Interna em Medicina Nuclear com o Aplicativo Gate: Avaliação do Impacto do Elemento de Dose e do Tipo de Fonte. Revista Brasileira de Física Médica, vol. 12, n.3, p.39-44. QUALIS: B5. 2019. Disponível em: 10.29384/rbfm.2018.v12.n3.p39-44

  25. Luís Vinícius de Moura, Caroline Machado Dartora e Ana Maria Marques da Silva. Skin Lesions Classification using Multichannel Dermoscopic Image. Anais do XII Simpósio de Engenharia Biomédica;Anais do XII Simpósio de Engenharia Biomédica - IX Simpósio de Instrumentação e Imagens Médicas, Uberlândia, MG (ISSN: 2358-3568).. 2019. Disponível em: 10.5281/zenodo.3460912

  26. Caroline Machado Dartora, Luís Vinícius de Moura e Ana Maria Marques da Silva. Feature Selection And Classification Of Multichannel Skin Lesion Dermoscopic Color Images. Congresso anual da European Society of Medical Imaging Informatics (EuSoMII Annual Meeting, october 2019, Valencia, Spain). 2019. Disponível em: 10.5281/zenodo.3460912

  27. Luís Vinícius de Moura e Ana Maria Marques da Silva. Radiômica baseada em Deep Learning: Extraindo Informações de Imagens Médicas. Anais de evento do Salão de Iniciação Científica da PUCRS 2019 - Trabalho Premiado como Destaque. 2019. Disponível em: https://editora.pucrs.br/edipucrs/acessolivre/anais/sic/assets/edicoes/2019/arquivos/391.pdf

  28. Luís Vinícius de Moura, Caroline Machado Dartora e Ana Maria Marques da Silva. Lung nodules classification in CT images using texture descriptors. Revista Brasileira de Física Médica, vol. 13, n.3, p.38-42, 2019. QUALIS: B5. 2019. Disponível em: 10.29384/rbfm.2019.v13.n3.p38-42.p38-42

  29. G. Sanchez, R. Fernandes, R. Cataldo, L. Sousa, L. Agostini, C. Marcon. Multicore Parallelism Exploration Targeting 3D-HEVC Intra-Frame Prediction. IEEE Design & Test of Computers (IEDT) – Qualis A2. 2019. Disponível em: 10.1109/MDAT.2019.2952342

  30. G. Sanchez, M. Saldanha, R. Fernandes, R. Cataldo, L. Agostini, C. Marcon. 3D-HEVC Bipartition Modes Encoder and Decoder Design Targeting High Resolution Videos. IEEE Transactions on Circuits and Systems I (TCAS-I) – Qualis A1. 2019. Disponível em: 10.1109/TCSI.2019.2929977

    Trabalhos Acadêmicos
  1. Rojas-Runjaic, F. J. M.. Sistemática filogenética dos sapos-cuidadores Aromobates e Mannophryne (Aromobatinae) inferida mediante evidência total. Tese de Doutorado Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS). 402 p.. 2019. Disponível em: http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/8853

  2. Aline Kotoski. Classificação Cerebral entre Disléxicos e Não-Disléxicos utilizando Ressonância Magnética e Support Vector Machine. . 2019. Disponível em:

  3. Wyllians José Vendramini Borelli. Correlação entre neuroimagem molecular, estrutural e funcional em SuperIdosos. . 2019. Disponível em: http://hdl.handle.net/10923/16495

  4. Sarah Helen Dias dos Santos . Filogenômica do gênero Panthera (mammalia, felidae). TEDE PUCRS. 2019. Disponível em: https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/8747

  5. Piña, Gustavo Pablo Lorenzana e Eizirik, Eduardo. Population genomics of jaguars (Panthera onca) : comparative assessment of diversity on different genomic and spatio-temporal scales. TEDE PUCRS. 2019. Disponível em: http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/8737

2018

    Artigos Científicos
  1. Renata Medina-Silva, Rafael R. de Oliveira, Maria A.G. Pivel, Luiz G.A. Borges, Taiz L.L. Simão, Leandro M. Pereira, Fernanda J. Trindade, Adolpho H. Augustin, Fernanda P. Valdez, Eduardo Eizirik, Laura R.P. Utz, Claudia Groposo, Dennis J. Miller, Adriano R. Viana, João M.M. Ketzer, Adriana Giongo. Microbial diversity from chlorophyll maximum, oxygen minimum and bottom zones in the Southwestern Atlantic Ocean. Journal of Marine Systems. 2018. Disponível em: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmarsys.2017.10.008

  2. Renata Medina-Silva, Rafael R. Oliveira, Fernanda J. Trindade, Luiz G. A. Borges, Taiz L. Lopes Simão, Adolpho H. Augustin, Fernanda P. Valdez . Marcelo J. Constant, Carolina L. Simundi, Eduardo Eizirik, Claudia Groposo, Dennis J. Miller, Priscila Reis da Silva, Adriano R. Viana, João M. M. Ketzer, Adriana Giongo. Microbiota associated with tubes of Escarpia sp. from cold seeps in the outhwestern Atlantic Ocean constitutes a community distinct from That of surrounding marine sediment and water. Journal of Microbiology Antonie van Leeuwenhock. 2018. Disponível em: https://doi.org/10.1007/s10482-017-0975-7

  3. Camille E. Granada, Camila Hasan, Munique Marder, Odorico Konrad, Luciano K. Vargas, Luciane M.P. Passaglia, Adriana Giongo, Rafael R. de Oliveira, Leandro de M. Pereira, Fernanda de Jesus Trindade, Raul A. Sperotto. Biogas from slaughterhouse wastewater anaerobic digestion is driven by the archaeal family Methanobacteriaceae And bacterial families Porphyromonadaceae and Tissierellaceae . Journal Renewable Energy. 2018. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.renene.2017.11.077

  4. Luiz Gustavo dos Anjos Borges, Adriana Giongo, Leandro de Mattos Pereira, Fernanda J. Trindade, Tatiana Schäffer Gregianini, Fabrício Souza Campos, Elodie Ghedin, Ana Beatriz Gorini da Veiga. Comparison of the nasopharynx microbiome between influenza and non‐influenza cases of severe Acute respiratory infections: A pilot study. Wiley Online Library. 2018. Disponível em: https://doi.org/10.1002/hsr2.47

  5. Caroline Krug Vieira, Luiz Gustavo dos Anjos Borges, Leticia Marconatto, Adriana Giongo, Sidney Luiz Stürmer. Microbiome of a revegetated iron-mining site And pristine ecosystems from the Brazilian Cerrado. Journal Applied Soil Ecology. 2018. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.apsoil.2018.07.011

  6. Alexandre Kleber Silveira, Karla Suzana Moresco, Henrique Mautone Gomes, Maurílio da Silva Morrone, Lucas Kich Grun, Daniel Pens Gelain, Leandro de Mattos Pereira, Adriana Giongo, Rafael Rodrigues De Oliveira, José Cláudio Fonseca Moreira. Guarana (Paullinia cupana Mart.) alters gut microbiota And modulates redox status, partially via caffeine in Wistar rats. Wiley Online Library. 2018. Disponível em: 10.1002/ptr.6185

  7. Cláudio Marcos Lauer Júnior, Aline Weber Medeiros, Adriana Giongo, Luiz Gustavo dos Anjos Borges, Derek Blaese de Amorin, Maurício Tavares, Jeverson Frazzon, Ana Paula Guedes Frazzon. Fecal eukaryotic community of wild young South American (Arctocephalus australis) and subantarctic fur seals (Arctocephalus tropicalis). Annals of Marine Biology and Research. 2018. Disponível em: https://doi.org/10.1093/femsec/fiw029

  8. Alice Bordignon Vian, Cássio Stein Moura, Ivi Valentini Lara. Estudo de primeiros princípios de nanoestruturas do tipo 2D como sensores biológicos. Anais de 19º edição do Salão de Iniciação Científica [/Carla Denise Bonan, Fernanda Bueno Morrone, Júlio César Bicca Marques - Coordenadores. - Dados eletrônicos. - Porto Alegre: EDIPUCRS, 2019. Recurso on-line.. 2018. Disponível em: http://www.pucrs.br/edipucrs/ISSN:2175-6465

  9. Nicollas Gonçalves Cavedini, Caroline Machado Dartora, Ana Maria Marques da Silva. Estudo computacional de dosimetria interna em imagens e terapia com radiofármacos. Anais do Congresso Brasileiro de Física Médica CBFM2018 (Meio eletrônico). 2018. Disponível em: http://sisconev.com.br/uploads/CBFM2018/20180402194936000000203.pdf

  10. Nicollas Gonçalves Cavedini, Caroline Machado Dartora, Ana Maria Marques da Silva. Radionuclide Internal Dosimetry Using GATE and PENELOPE for Experimental Validation in Geometrical Phantoms. IFMBE Proceedings, vol.68, n. 1, p. 731-735 (Meio eletrônico); World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering 2018, Prague.. 2018. Disponível em: http://doi.org/10.1007/978-981-10-9035-6_135

  11. R. Fernandes, G. Sanchez, R. Cataldo, T. Webber, C. Marcon. Efficient HEVC intra-frame prediction using curved angular modes. Electronics Letters, 54 (21), pp. 1214-1216. (Qualis A1). 2018. Disponível em: 10.1049/el.2018.6051

    Trabalhos Acadêmicos
  1. Nicollas Gonçalves Cavedini. Modelagem de um fantoma para dosimetria interna em iodoterapia no aplicativo GATE. Em papel, apresentado em dezembro de 2018 (será enviado para a Revista Brasileira de Física Médica). 2018. Disponível em: Artigo Impresso

  2. R. Fernandes. Improving H.265 HEVC Encoding with Refined Intra-Frame Prediction Modes. . 2018. Disponível em:

2017

    Artigos Científicos
  1. Fábio D.Rossi, Miguel G.Xavier, César A.F.De Rose, Rodrigo N.Calheiros e RajkumarBuyyb. E-eco: Performance-Aware Energy-Efficient Cloud Data Center Orchestration. Journal of Network and Computer Applications. Qualis – A2. 2017. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.jnca.2016.10.024 / https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1084804516302569?via%3Dihub

  2. Kássia G. H. Heinz, Patrícia R. S. Zanoni, Rafael R. Oliveira, Renata Medina-Silva, Taiz L. L. Simão, Fernanda J. Trindade, Leandro M. Pereira, Lorena B. B. Tavares & Adriana Giongo . Recycled Paper Sludge Microbial Community as a Potential Source of Cellulase and Xylanase Enzymes. Waste and Biomass Valorization volume 8, pages1907–1917 (2017). 2017. Disponível em: https://link.springer.com/article/10.1007/s12649-016-9792-x

  3. Henrique V. Figueiró, Gang Li, Fernanda J. Trindade, Juliana Assis, Fabiano Pais, Gabriel Fernandes, Sarah H. D. Santos, Graham, M. Hughes, Aleksey Komissarov, Agostinho Antunes, Cristine S. Trinca, Maíra R. Rodrigues, Tyler Linderoth, Ke Bi, Leandro Silveira, Fernando C. C. Azevedo, Daniel Kantek , Emiliano Ramalho, Ricardo A. Brassaloti, Priscilla M. S. Villela, Adauto L. V. Nunes, Rodrigo H. F. Teixeira, Ronaldo G. Morato, Damian Loska, Patricia Saragüeta, Toni Gabaldón, Emma C. Teeling, Stephen J. O’Brien, Rasmus Nielsen, Luiz L. Coutinho, Guilherme Oliveira, William J. Murphy e Eduardo Eizirik. Genome-wide signatures of complex introgression and adaptive evolution in the big cats. SCIENCE ADVANCES, 19 Jul 2017, Vol 3, Issue 7, Qualis A1. 2017. Disponível em: https://doi.org/10.1126/sciadv.1700299

  4. Ezequiel P.Francisco, L.F.R.Espath, J.H.Silvestrini. Direct numerical simulation of bi-disperse particle-laden gravity currents in the channel configuration. Applied Mathematical Modelling. 2017. Disponível em: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0307904X17301476

  5. CALLEGARI, DANIEL ANTONIO; DIAS, Raquel. L. ; FEOLI, Ana. Maria ; ARAUJO, M. O. ; HOFMEISTER, L.. NUTRIMOB KIDS - UM APLICATIVO PARA AVALIAÇÃO, PRESCRIÇÃO E MONITORAMENTO DA TERAPIA NUTRICIONAL ENTERAL DOMICILIAR EM PEDIATRIA. XXXVII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação - WIM - Workshop de Informática Médica, 2017, São Paulo. Anais do XXXVII congresso da sociedade brasileira de computação, 2017. p. 2030-2033.. 2017. Disponível em: https://sol.sbc.org.br/index.php/sbcas/article/view/3720

  6. DIAS, Raquel. L. ; FEOLI, Ana. Maria ; CALLEGARI, DANIEL ANTONIO ; ARAUJO, M. O.. NutriMob: An e-Health System to Support Home Enteral Nutrition Programs. E-Health 2017 Annual Conference & Tradeshow, 2017, Toronto. E-Health 2017 Annual Conference & Tradeshow, 2017.. 2017. Disponível em: https://www.researchgate.net/project/NutriMob-an-e-Health-system-to-support-Home-Enteral-Nutrition

  7. DARAUJO, M. O. ; FEOLI, Ana. Maria ; DIAS, Raquel. L. ; CALLEGARI, DANIEL ANTONIO. NutriMob Kids - Um aplicativo para avaliação, prescrição e monitoramento da terapia nutricional enteral domiciliar em pediatria. . 2017. Disponível em: 10.5753/sbcas.2017.3720

2016

    Artigos Científicos
  1. Miguel G. Xavier, Fábio D. Rossi, César A. F. De Rose,Rodrigo N. Calheiros e Danielo G. Gomes. Modeling and Simulation of ACPI G/S-states in Cloud Computing Environments. Wiley Online Library. Qualis – A1. 2016. Disponível em: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cpe.3839/full

  2. Giongo, Adriana; Haag, Taiana; Simão, Taiz L. Lopes; Medina-Silva, Renata; Utz, Laura R. P.; Bogo, Maurício R.; Bonatto, Sandro L.; Zamberlan, Priscilla M.; Augustin, Adolpho H.; Lourega, Rogério V.; Rodrigues, Luiz F.; Sbrissa, Gesiane F.; Kowsmann, Renato O.; Freire, Antonio F. M.; Miller, Dennis J.; Viana, Adriano R.; Ketzer, João M. M.; Eizirik, Eduardo. Discovery of a chemosynthesis-based community in the western South Atlantic Ocean. Deep-Sea Research Part I, Volume 112, p. 45-56.. 2016. Disponível em: http://adsabs.harvard.edu/abs/2016DSRI..112...45G

  3. HEINZ, KÁSSIA G. H.; ZANONI, PATRÍCIA R. S.; OLIVEIRA, RAFAEL R.; MEDINA-SILVA, RENATA; SIMÃO, TAIZ L. L.; TRINDADE, FERNANDA J.; PEREIRA, LEANDRO M.; TAVARES, LORENA B. B.; GIONGO, ADRIANA.. Recycled Paper Sludge Microbial Community as a Potential Source of Cellulase and Xylanase Enzymes. Waste and Biomass Valorization, v. x, p. 1-11, 2016. . 2016. Disponível em:

  4. TRINDADE, F. J.; RODRIGUES, M. R.; FIGUEIRO, H. V.; LI, G.; MURPHY, W.; EIZIRIK, E. . Hibridação e relações filogenéticas em felinos neotropicais do gênero Leopardus. . 2016. Disponível em:

  5. MEDINA-SILVA, R.; GIONGO, A.; HEINZ, K. G. H.; ZANONI, P. R. S.; OLIVEIRA, R. R.; PEREIRA, L. M.; TRINDADE, F. J.; SIMAO, T. L. L.; TAVARES, L. B. B.. Fungi community from paper and pulp industry sludge: a metabarcoding approach. . . 2016. Disponível em:

  6. SANTOS, S. H. D.; EIZIRIK, E. . Análise comparativa de métodos de montagem do genoma mitocondrial aplicados a estudos com onça-pintada. . . 2016. Disponível em:

  7. SANTOS, S. H. D.; EIZIRIK, E. . Montagem e análise do genoma mitocondrial de indivíduos de onça-pintada (Panthera onca) . . 2016. Disponível em:

  8. CALLEGARI, DANIEL ANTONIO; DIAS, Raquel. L. ; FEOLI, Ana. Maria. NutriMob - WebSite e Aplicativo para Avaliação, Prescrição e Monitoramento da Terapia Nutricional Enteral Domiciliar. IV ERCAS - Escola Regional de Computação Aplicada à Saúde, 2016. Anais IV ERCAS - Escola Regional de Computação Aplicada à Saúde, 2016.. 2016. Disponível em: https://www.nutrimob.com.br/sobre.html

  9. DARAUJO, M. O. ; FEOLI, Ana. Maria ; DIAS, Raquel. L. ; CALLEGARI, DANIEL ANTONIO. NutriMob - Aplicativo para Avaliação, Prescrição e Monitoramento da Terapia Nutricional Enteral Domiciliar. 17o Salão de Iniciação Científica da PUCRS, 2016.. 2016. Disponível em:

  10. DARAUJO, M. O. ; FEOLI, Ana. Maria ; DIAS, Raquel. L. ; CALLEGARI, DANIEL ANTONIO. NutriMob - WebSite e Aplicativo para Avaliação, Prescrição e Monitoramento da Terapia Nutricional Enteral Domiciliar. IV ERCAS - Escola Regional de Computação Aplicada à Saúde, 2016.. 2016. Disponível em:

  11. Carlos Moser, Andrea Da Ronch. An outflow buffer zone based on the jet mean flow self-similarity. ECCOMAS Congress 2016. 2016. Disponível em: https://www.eccomas2016.org/proceedings/pdf/8111.pdf

  12. L. Espath, E. Francisco, C. Moser, S. Laizet e J. Silvestrini. Particle-laden Gravity Currents in Non-axisymmetric Lock-exchange Configurations. Second Conference on Forward Modelling of Sedimentary Systems. 2016. Disponível em: http://www.earthdoc.org/publication/publicationdetails/?publication=84372

  13. Pedro Costa Klein, Ricardo Bernardi Soder, Jefferson Becker, Alexandre Rosa Franco e Márcio Sarroglia Pinho. An automatic method for multiple sclerosis lesion detection in fluid attenuated inversion recovery magnetic resonance images . SAC '16 Proceedings of the 31st Annual ACM Symposium on Applied Computing. 2016. Disponível em: https://doi.org/10.1145/2851613.2851938 / https://dl.acm.org/citation.cfm?doid=2851613.2851938

  14. Fabiano Ricardo Farias, Pedro Costa Klein, Ricardo Bernardi Soder, Jefferson Becker e Marcio Sarroglia Pinho. MRI Interpolation for Multiple Sclerosis Lesion Quantification. 2016 IEEE 40th Annual Computer Software and Applications Conference (COMPSAC). 2016. Disponível em: https://doi.org/10.1109/COMPSAC.2016.159 / https://ieeexplore.ieee.org/document/7552297/authors#authors

    Trabalhos Acadêmicos
  1. Henrique Vieira Figueiró, Rasmus Nielsen. História Evolutiva e Diversidade Genômica de Panthera onca (Linnaeus, 1758). . Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil. Período sanduíche em University of California, Berkeley. 2016. Disponível em:

  2. Taíz Lopes, Eric Triplett . Caracterização por DNA metabarcoding da biodiversidade de ambientes neotropicais: investigação das comunidades presentes em fitotelmos de bromélias e sedimentos marinhos. . Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil. Período sanduíche em University of Florida. . 2016. Disponível em:

  3. Figueiró, Henrique Vieira e Eizirik, Eduardo. Análises genômicas da onça-pintada (Panthera onca) : caracterização do genoma completo e investigação de regiões sob seleção através de comparações interespecíficas e populacionais. TEDE PUCRS. 2016. Disponível em: https://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/7248

  4. Martins, Jefferson Santana. Image Reconstruction Using Simulated Annealing in Electrical Impedance Tomography: A New Approach Inverse Problems in Science and Engineering. Instituitional Repository PUCRS. 2016. Disponível em: http://repositorio.pucrs.br/dspace/handle/10923/8176?locale=en / http://hdl.handle.net/10923/8176

  5. Schuch, Felipe Nornberg. Análise de pluma hiperpicnal poli-disoersa por simulação numérica direta. Instituitional Repository PUCRS. 2016. Disponível em: http://repositorio.pucrs.br/dspace/handle/10923/9584 / http://hdl.handle.net/10923/9584

  6. Farenzena, Bruno Avila. Análise de estabilidade linear em plumas hipopicnais. Tede – Sistema de Publicação Eletônica de Teses e Dissertações. 2016. Disponível em: http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/6729

  7. França, Rodrigo Paz. Técnicas de localização para um veículo aquático baseadas em mapas batimétricos e filtro de partículas. Instituitional Repository PUCRS. 2016. Disponível em: http://repositorio.pucrs.br:8080/dspace/handle/10923/8346 / http://hdl.handle.net/10923/8346

2015

    Artigos Científicos
  1. Marcelo Veiga Neves, Cesar A.F. De Rose e Kostas Katrinis. MRemu: An Emulation-based Framework for Datacenter Network Experimentation using Realistic MapReduce Traffic. 23rd International Symposium on Modeling, Analysis, and Simulation of Computer and Telecommunication Systems. Qualis – B1. 2015. Disponível em: https://doi.org/10.1109/MASCOTS.2015.36 / https://ieeexplore.ieee.org/document/7330188?arnumber=7330188

  2. Mauro Storch, César de Rose, Avelino Zorzo e Régio Michelin. Multi channel Secure Interconnection Design for Hybrid Clouds. ICN 2015, The Fourteenth International Conference on Networks. Qualis – B1. 2015. Disponível em: http://www.thinkmind.org/index.php?view=article&articleid=icn_2015_6_50_30156

  3. Fábio Diniz Rossi, Mauro Storch, Israel de Oliveira e César A.F. De Rose. Modeling Power Consumption for DVFS Policies. 2015 IEEE International Symposium on Circuits and Systems (ISCAS). Qualis – B1. 2015. Disponível em: http://ieeexplore.ieee.org/document/7169024/?arnumber=7169024

  4. Fábio D. Rossi, Miguel G. Xavier, Yuri J. Monti, César A.F. De Rose. On the impact of energy-efficient strategies in HPC clusters. 23rd Euromicro International Conference on Parallel, Distributed, and Network-Based Processing. Qualis – B1. 2015. Disponível em: http://ieeexplore.ieee.org/stamp/stamp.jsp?arnumber=7092694

  5. Fábio Rossi, Israel de Oliveira, César De Rose, Rodrigo Calheiros e Rajkumar Buyya. Non-Invasive Estimation of Cloud Applications Performance via Hypervisor's Operating Systems Counters. ICN 2015, The Fourteenth International Conference on Networks . Qualis – A1. 2015. Disponível em: http://www.thinkmind.org/index.php?view=article&articleid=icn_2015_7_30_30151

  6. FIGUEIRO, H. V.; TRINDADE, F. J.; LI, G.; MURPHY, W.; EIZIRIK, E. . Evolutionary Analysis of the Jaguar Genome. . 2015. Disponível em:

  7. TRINDADE, F. J. . Análise computacional de resultados de metagenômica obtidos através de sequenciamento de alto desempenho. . . 2015. Disponível em:

  8. TRINDADE, F. J.; FIGUEIRO, H. V.; EIZIRIK, E. . Abordagem genômica aplicada ao estudo da evolução adaptativa dos grandes felinos (Panthera spp.). . 2015. Disponível em:

  9. TRINDADE, F. J.; FIGUEIRO, H. V.; EIZIRIK, E. . Discordância genealógica e evolução adaptativa dos grandes felinos (Panthera spp.) . . 2015. Disponível em:

  10. TRINDADE, F. J.; FIGUEIRO, H. V.; EIZIRIK, E. . Estrutura e história evolutiva da maior translocação de mtDNA para o genoma nuclear dos grandes felinos (Panthera spp.). . 2015. Disponível em:

  11. SANTOS, S. H. D.; EIZIRIK, E. . Investigação de Assinaturas de Seleção no Genoma de Espécies do Gênero Panthera . . 2015. Disponível em:

  12. L. F. R. Espath, L. C. Pinto, S. Laizet, e J. H. Silvestrini. High-fidelity simulations of the lobe-and-cleft structures and the deposition map in particle-driven gravity currents. Physics of Fluids 27, 056604 (2015). 2015. Disponível em: https://doi.org/10.1063/1.4921191

  13. Dr Andrea da Ronch e Prof Carlos Moser. An outflow buffer zone based on the far-field self-similarity of high-Reynolds-number subsonic turbulent jet flows. The UK Academies/CONFAP - Fellowship and Research Mobility. 2015. Disponível em: http://www.fapesp.br/en/9894

  14. Vanderson Dill, Alexandre Rosa Franco e Márcio Sarroglia Pinho. Automated Methods for Hippocampus Segmentation: the Evolution and a Review of the State of the Art. Springer Link. 2015. Disponível em: https://doi.org/10.1007/s12021-014-9243-4 / https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12021-014-9243-4#aboutcontent

  15. Miguel G. Xavier, Israel C. De Oliveira, Fabio D. Rossi, Robson D. Dos Passos, Kassiano J. Matteussi e César A.F. De Rose. A Performance Isolation Analysis of Disk-intensive Workloads on Container-based Clouds. 2015 23rd Euromicro International Conference on Parallel, Distributed, and Network-Based Processing. Qualis – B1. 2015. Disponível em: http://ieeexplore.ieee.org/document/7092729

    Trabalhos Acadêmicos
  1. Manuel Escalona. História evolutiva e dinâmica demográfica de Cavia intermedia e de sua espécie-irmã Cavia magna através de abordagem genômica. Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil. 2015. Disponível em:

2014

    Artigos Científicos
  1. R. Dias, M. G. Xavier, F. D. Rossi, M. V. Neves, T. A. P. Lange, A. Giongo, C. A. F. De Rose and E. W. Triplett. MPI-blastn and NCBI-TaxCollector: Improving metagenomic analysis with high performance classification and wide taxonomic attachment. Journal of Bioinformatics and Computational Biology. Qualis – B1. 2014. Disponível em: http://www.worldscientific.com/doi/abs/10.1142/S0219720014500139

  2. Fábio Diniz Rossi, Miguel Gomes Xavier, Endrigo D’Agosini Conte, Tiago Ferreto e César A.F. De Rose. Green software development for multicore architectures. 2014 IEEE Symposium on Computers and Communications (ISCC). Qualis – A2. 2014. Disponível em: http://dx.doi.org/10.1109/ISCC.2014.6912565 / https://ieeexplore.ieee.org/document/6912565

  3. Régio A. Michelin, Avelino F. Zorzo e Cesar A. De Rose. Mitigating DoS to authenticated cloud REST APIs. The 9th International Conference for Internet Technology and Secured Transactions (ICITST-2014). Qualis – A1. 2014. Disponível em: https://doi.org/10.1109/ICITST.2014.7038787 / https://ieeexplore.ieee.org/document/7038787

  4. Marcelo Veiga Neves, César A.F. De Rose, Kostas Katrinis e Hubertus Franke. Pythia: Faster Big Data in Motion through Predictive Software-Defined Network Optimization at Runtime. 2014 IEEE 28th International Parallel and Distributed Processing Symposium. Qualis – B1. 2014. Disponível em: http://dx.doi.org/10.1109/IPDPS.2014.20 / https://ieeexplore.ieee.org/document/6877244?arnumber=6877244

  5. Fábio Diniz Rossi, Marcelo da Silva Conterato, Tiago Coelho Ferreto e César Augusto Fonticielha De Rose. Evaluating the trade-off between DVFS energy-savings and virtual networks performance. ICN 2014, The Thirteenth International Conference on Networks . Qualis – B1. 2014. Disponível em: http://www.thinkmind.org/index.php?view=article&articleid=icn_2014_11_40_30196 / http://www.thinkmind.org/index.php?view=article&articleid=icn_2014_11_40_30196

  6. Miguel Gomes Xavier, Marcelo Veiga Neves e Cesar Augusto Fonticielha De Rose. A performance comparison of container-based virtualization systems for MapReduce clusters. 2014 22nd Euromicro International Conference on Parallel, Distributed, and Network-Based Processing. Qualis – B1. 2014. Disponível em: http://ieeexplore.ieee.org/document/6787290/

  7. Taciano Perez, Ney Laert Vilar Calazans e César A.F.De Rose. System-level Impacts of Persistent Main Memory Using a Search Engine. Microelectronics Journal. Qualis – B1. 2014. Disponível em: https://ieeexplore.ieee.org/document/6787290http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0026269213002589 / https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0026269213002589

  8. TRINDADE, F. J.; HEIDTMANN, L. M.; FIGUEIRO, H. V.; EIZIRIK, E. . Validação da Utilização de Dados de RNA-Seq para Montagem de Genomas Mitocondriais. . . 2014. Disponível em:

  9. TRINDADE, F. J.; FIGUEIRO, H. V.; EIZIRIK, E. . Investigação de assinaturas de seleção natural em regiões codificantes do genoma da onça-pintada (Panthera onca). . 2014. Disponível em:

  10. L.F.R.Espatha, L.C.Pinto, S.Laizet e J.H.Silvestrinia. Two- and three-dimensional Direct Numerical Simulation of particle-laden gravity currents. Computers & Geosciences. 2014. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.cageo.2013.10.006

    Trabalhos Acadêmicos
  1. Francisco, Ezequiel Pelisoli. Simulação Matemática e simulação numérica direta de correntes de gravidade poli-dispersas. Instituitional Repository PUCRS. 2014. Disponível em: http://repositorio.pucrs.br/dspace/handle/10923/5812 / http://hdl.handle.net/10923/5812

2013

    Artigos Científicos
  1. HEIDTMANN, L. M.; FIGUEIRÓ, Henrique Vieira; COUTINHO, L. L.; Eizirik, E.. THE COMPLETE MITOCHONDRIAL GENOME OF THE JAGUAR (PANTHERA ONCA) ENABLES COMPARATIVE ANALYSES ACROSS ALL SPECIES IN GENUS PANTHERA. Congresso Brasileiro de Genética, 2013, Águas de Lindóia. Resumos do 59º Congresso Brasileiro de Genética, 2013. . 2013. Disponível em:

  2. TRINDADE, F. J.; FIGUEIRÓ, Henrique Vieira; VILLELA, P. M. S.; GASPARIN, G.; ANDRADE, S. C. S.; COUTINHO, L. L.; Eizirik, E. . INVESTIGATION OF NATURAL SELECTION SIGNATURES IN CODING REGIONS OF THE JAGUAR (PANTHERA ONCA) GENOME. Congresso Brasileiro de Genética, 2013, Águas de Lindóia. Resumos do 59º Congresso Brasileiro de Genética, 2013. . 2013. Disponível em:

  3. TRINDADE, F. J.; FIGUEIRO, H. V.; EIZIRIK, E. . Caracterização Genômica da Onça-pintada (Panthera onca). . 2013. Disponível em:

  4. TRINDADE, F. J.; FIGUEIRO, H. V.; EIZIRIK, E. . Desenvolvimento de pipeline para Investigação de Seleção Natural em Regiões Genômicas Codificantes. . . 2013. Disponível em:

  5. Carlos A.S. Moser e Marcello A.F. Medeiros. Analysis of jet shear layer self-sustained instability effects on the inflow condition. 22nd International Congress of Mechanical Engineering (COBEM 2013). 2013. Disponível em: http://www.abcm.org.br/anais/cobem/2013/PDF/1538.pdf

2009

    Artigos Científicos
  1. Zaher, Hussam; GRAZZIOTIN, Felipe Gobbi; Cadle, John E.; Murphy, Robert W.; Moura-Leite, Julio Cesar de; Bonatto, Sandro L. . Molecular phylogeny of advanced snakes (Serpentes, Caenophidia) with an emphasis on South American Xenodontines: a revised classification and descriptions of new taxa.. Papéis Avulsos de Zoologia (USP. Museu de Zoologia. Impresso), v. 49, p. 115-153, 2009.. 2009. Disponível em: https://doi.org/10.1590/S0031-10492009001100001

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